Penyusunan Rencana Kerja Tahunan (Annual Work Plan) bertujuan memastikan ketersediaan anggaran untuk membiayai kegiatan sesuai RIPT secara memadai dari segi jumlah, terintegrasi, saling melengkapi dan tepat waktu. Tim Koordinasi program dan CPMU akan melakukan sinkronisasi anggaran dari APBN termasuk Pinjaman dan Hibah Luar Negeri (PHLN), APBD Provinsi, dan APBD Kabupaten/Kota. Penyusunan Rencana Kerja Tahunan dilakukan 1 (satu) tahun sebelum TA berjalan (T-1) sesuai siklus APBN/APBD.
Penyusunan Rencana Kerja Tahunan di Pusat meliputi kegiatan: (a) Identifikasi kegiatan dalam RIPT yang harus dianggarkan oleh K/L pengampu masing-masing komponen; (b) Penapisan (screening) kegiatan Komponen-2 dalam RIPT yang telah memenuhi kriteria kesiapan (readiness criteria) seperti studi kelayakan, rencana teknis (Detailed Engineering Design – DED), ketersediaan lahan dan pemenuhan tehadap ketentuan ESMF; (c) Pengusulan kegiatan yang telah memenuhi kriteria kesiapan ke Tim Koordinasi; (d) Pembahasan sinkronisasi anggaran oleh Tim Koordinasi; (e) Pengajuan Annual Work Plan (AWP) kepada Bank Dunia untuk kegiatan yang dibiayai PHLN; dan (f) Pengusulan kegiatan sesuai RIPT oleh masing-masing K/L untuk masuk dalam Rencana Kerja Pemerintah (RKP) dan DIPA.